自2008年开始，农工商超市集团按照上海市政府实事项目要求，在上海地区门店率先开展了食品流通安全信息追溯体系建设。通过四年多来的积极运行维护，在上海地区销售猪肉的门店全部实现了流通安全信息追溯。从去年开始按市政府的要求不断推进，扩大覆盖面，部分门店建立了牛羊肉、蔬菜流通安全信息的追溯系统。在公司系统、质监、采购、营运、总务、客服中心等部门和门店相关人员的配合下，追溯系统的上报率及打单率始终坚持保持在较高水平。追溯系统的不断完善和覆盖面的扩大，使得超市所销售的生鲜食用农产品能方便顾客追溯，保障了生鲜商品的质量和流通安全，为食品安全起到了保驾护航的作用。
根据2013年上海市政府实事项目“食品流通安全信息追溯体系建设”的要求，农工商超市今年将在26家门店开展粮食、水产追溯系统的建设，进一步加强食品源头的管理，提升品牌形象，让百姓们吃得放心。在9月24日的会议上，集团质监部和系统部向超市26家门店的负责人和电脑员总结了之前追溯系统建设时所出现的问题，并对建设新的追溯系统提出了要求。会议指出生鲜食品是农工商超市的拳头商品，切实保障生鲜食品的质量安全更是立足之本，希望各门店高度重视、积极配合，将系统建设所需的软件升级、电子秤配置等软硬件设备准备完善。随后，系统部相关负责人对各门店电脑员进行了数据上报和电子秤设置使用等方面的培训。
